Nintendo DS:n suositusta Big Brain Academysta julkaistaan heinäkuun 27. päivä versio myös Wiille. Isomman konsolin versio sisältää uusia minipelejä ja moninpelitiloja, jotka soveltuvat aivojen aktivointiin isommalla porukalla.
Wiin BBA:n minipeleissä on pohjimmiltaan kyse samanlaisista muistiin, hahmotuskykyyn, reaktionopeuteen, laskemiseen ja muuhun pähkäilyyn perustuvista tehtävistä kuin DS:lläkin, mutta toki Wii-kapulalla ohjaaminen tuo mukaan vielä oman ulottuvuutensa. Pelihahmona toimii pelaajan oma Mii.
Pelaajan aivojen suorituskyvystä pidetään kirjaa eri tavoin, ja edistymistä kuvataan muun muassa aivojen painon lisääntymisellä. Moninpelien lisäksi pelaajat voivat mitata aivotehojaan maailmanlaajuisesti Wiin verkkoyhteyden kautta ladattavien muiden pelaajien tietojen muodossa.